Корректировка НДС на уменьшение

Здравствуйте.

Объясните пожалуйста.После проверки был до начислен Налог по НДС по пред оплате.
Как правильно отразить это в Отчете ПО НДС.Согласно решения налоговая сделает до начисление.

Нужно ли выписывать счет-фактуру?

Если я выпишу счет-фактуру и сделаю корректировку по уменьшению, то это никак не возместит мне налог по НДС. А счет-фактуру сказали нужно обязательно выписывать.
В связи с этим прошу подробно объяснить мне как сделать правильно, чтобы возместить налог по НДС и не нарушить налоговый кодекс?